Котловина озера имеет эрозионно-тектоническое происхождение. Дно покрыто толстым (до 7 метров) слоем торфяно-илистых отложений. В озеро впадает ручей Чёрный, а вытекает речка Берёзовка. С запада к водоёму примыкает древнее болото, возраст которого учёные исчисляют 10-ю тысячами лет. Из-за сообщения с ним вода в Песчаном имеет коричневатый оттенок.

В озере живёт рыба, в основном — окунь. С начала 2010-х годов Роспотребнадзор не рекомендует купаться в озере, но это никого не останавливает.